猪代尔塔冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立及其S基因分子特征分析

• 作者: 刘亚杰 刘子琦 单颖 方维焕 施杏芬 李肖梁 罗浩 许伟成 陈聪
• 来源期刊: 浙江农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪代尔塔冠状病毒 荧光定量检测方法 S基因 分子特性 进化分析
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 220-227
• 页数: 8页
• 分类号: S852.65+1
• 字数: 5249字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2018.02.06

摘要

猪代尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一个新发现的致病性猪肠道冠状病毒,目前在中国部分省份养殖场的腹泻病猪中已检测到,并已证实在中国流行.本研究旨在探明PDCoV在浙江省的流行现状和分子演化特征.结果显示,建立的PDCoV一步法TaqMan探针荧光定量检测方法特异,检测灵敏度可达3.94×102拷贝·μL-1,扩增效率为108%,R2值为0.997,标准曲线方程为Y=-3.156X+1.826.2013年4月—2016年12月收集的258份仔猪临床腹泻样本中没有检测到,但在2017年1—4月检测阳性率达到50%(12/24).获得的7个临床分离株的S基因与参考株相比,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.98%~100%和99.99%~100%;与最初在香港分离到的毒株和美国流行株相比,存在3个碱基缺失和一定数量的突变.以S蛋白进行分子演化分析,发现7株临床分离株均在代尔塔冠状病毒属进化分支上,且与中国分离到的其他PDCoV毒株在进化关系上较近,与美国、泰国等地分离到的PDCoV在进化关系上较远,提示PDCoV的流行株分布有一定的地域性.研究结果提供了浙江省地区PDCoV临床分离株的基因特性,为防控PDCoV引起的仔猪腹泻、加快流行株疫苗的开发提供了数据.