民猪全基因组序列测定与分析

• 作者: 何鑫淼 刘娣 张冬杰 汪亮 王文涛
• 来源期刊: 东北农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 民猪 SNPs InDel 主成分分析 分子进化树
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 页码范围: 9-17
• 页数: 9页
• 分类号: S813.3
• 字数: 5123字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-9369.2018.11.002

摘要

民猪是我国优良地方猪品种,具有高繁殖、耐粗饲、抗逆和肉质优良等特性,但遗传背景模糊.为合理保护和利用民猪资源,利用Illumina Hiseq2000测序平台,采用双末端测序方法,测定10头民猪和4头东北野猪全基因组序列,统计分析SNPs和InDel标记信息,利用NCBI数据库中已知的50个不同个体的SNPs信息作主成分分析并构建分子进化树,使用θπ和Fst两个参数筛选民猪和东北野猪基因组内受选择基因.结果表明,民猪基因组内检测8255874个SNPs,大量的SNPs发生在基因间区及内含子区;与猪dbSNP数据库相比,新发现7739173个SNPs;检测到739647个InDel位点,其中纯合多于杂合位点.民猪在遗传距离上介于亚洲猪种和欧洲猪种之间,说明民猪在品种形成过程中,曾引入欧洲猪血统,东北野猪则与亚洲家猪和亚洲野猪聚为一类,符合其地理分布.民猪基因组内共181个基因受到选择,涉及能量代谢、脂质转运、脊椎及视神经发育等.东北野猪基因组内共411个基因受到选择,涉及神经系统、免疫应答、繁殖、线粒体能量代谢等.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘娣	黑龙江省农业科学院畜牧研究所	251	803	12.0	15.0
2	何鑫淼	黑龙江省农业科学院畜牧研究所	52	53	4.0	5.0
4	王文涛	黑龙江省农业科学院畜牧研究所	77	68	5.0	5.0
6	张冬杰	黑龙江省农业科学院畜牧研究所	87	157	6.0	7.0
8	汪亮	黑龙江省农业科学院畜牧研究所	52	117	6.0	7.0