甜荞热激转录因子基因家族的鉴定及生物信息学分析

• 作者: 李洪有 杨丽娟 梁成刚 蔡芳 陈庆富 霍冬敖
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 甜荞 热激转录因子 生物信息学分析 保守基序 系统发育分析
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 生物科学与技术
• 页码范围: 369-375
• 页数: 7页
• 分类号: S517|Q753
• 字数: 3346字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13331/j.cnki.jhau.2018.04.006

摘要

利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因.基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子.蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域(DNA-binding domain,DBD)和不保守的寡聚化结构域(oligomerization domain,OD).蛋白保守基序分析表明,23个HSF蛋白共包含10个保守基序,基序长度为11～62个氨基酸,其中基序1、2和3代表DBD区.亚细胞定位分析表明,除FeHSF13、FeHSF14和FeHSF18同时定位于细胞核和细胞质上,其余20个FeHSF蛋白均定位于细胞核上.磷酸化位点分析表明,所有HSF蛋白均含有潜在的丝氨酸(Ser)和苏氨酸(Thr)磷酸化位点,部分HSF蛋白还含有酪氨酸(Tyr)磷酸化位点.系统发育分析表明,23个HSF基因可以分为A、B和C 3类,进一步细分为A1、A3、A4、A5、A6、A7、A9、B3、B4和C共10个亚类.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈庆富	贵州师范大学甜荞产业技术研究中心	170	1308	15.0	28.0
2	梁成刚	贵州师范大学甜荞产业技术研究中心	13	29	2.0	5.0
3	李洪有	贵州师范大学甜荞产业技术研究中心	9	14	3.0	3.0
4	霍冬敖	贵州师范大学甜荞产业技术研究中心	9	12	2.0	3.0
5	蔡芳	贵州师范大学甜荞产业技术研究中心	3	5	1.0	2.0
6	杨丽娟	贵州师范大学甜荞产业技术研究中心	8	21	4.0	4.0