峨眉蔷薇Ro-DREB1C的克隆与生物信息学分析

• 作者: 周宁宁 张颢 李淑斌 王俊云 王其刚 陈敏
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 峨眉蔷薇 DREB/CBF 基因克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源
• 页码范围: 2248-2254
• 页数: 7页
• 分类号: S658
• 字数: 4142字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16213/j.cnki.scjas.2018.11.006

摘要

[目的]丰富月季CBF基因研究的基础数据库,对蛾眉蔷薇原变种(Rosa omeiensis Rolfe f.omeiensis)CBF/DREB基因进行克隆和生物信息学分析.[方法]设计特异引物克隆Ro-DREB1C基因的完整CDS区及部分5’端和3 ’端UTR区序列,使用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的理化性质、二三级结构和预测亚细胞定位,构建系统进化树确定Ro-DREB1C隶属的基因家族.[结果]获得峨眉蔷薇Ro-DREB1C基因CDS区603 bp,GenBank登录号为KX397104,编码200个氨基酸.蛋白质分子式为C968H1539 N263 0299 S11,其中丝氨酸、亮氨酸和丙氨酸的频率较高,分别占11.5％、11.0％和9.5％,属于不稳定类、弱酸性、亲水蛋白;二级结构以无规则卷曲(71.5％)为主,不能被归入明确的二级结构如折叠片或螺旋的多肽区段;三级结构预测模板为d1 gcca,识别预测序列范围为59～119,识别长度61 bp;该蛋白质无跨膜区和信号肽的存在,亚细胞定位Ro-DREB1C分布在细胞核中的分布最多.与RhCBF比较:Ro-DREB1C的编码区没有单碱基的缺失或插入,共存在21个潜在SNP位点,导致10个差异氨基酸.系统进化分析表明Ro-DREB1C隶属于AP2家族DREB亚家族A-1亚组成员.[结论]峨眉蔷薇可作为优秀的月季耐寒育种材料加以保存和利用.