玉米β-甘露聚糖酶基因家族的生物信息学分析

• 作者: 史胜男 周建 孙辉 胥明 陈国冲 韦雨亭 高清松 黄雨晴
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 玉米 甘露聚糖酶 基因家族 进化分析 表达分析
• 年，卷（期）: 2018,（16）
• 所属期刊栏目: 动物科学·生物技术
• 页码范围: 93-96,128
• 页数: 5页
• 分类号: S188+.1
• 字数: 4516字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2018.16.028

摘要

[目的]鉴定出玉米基因组中的β-甘露聚糖酶基因(MAN),并分析其进化机制和表达模式.[方法]利用拟南芥MAN蛋白序列在玉米基因组数据库以及NCBI非冗余蛋白质数据库中比对搜索,获取玉米MAN家族全部成员;通过检索植物基因组复制数据库查找玉米MAN基因的片段复制事件;利用GSDS 2.0服务器分析基因外显子/内含子结构;采用MEGA7软件极大似然法构建系统发育树;利用芯片数据分析基因在不同组织器官中的表达模式.[结果]玉米基因组中含有6个MAN基因,分布于5条染色体上.没有玉米MAN基因起源于片段复制或串联重复事件.系统发育分析将植物MAN蛋白分为3个亚族(Ⅰ～Ⅲ),说明其序列已发生分化.玉米MAN基因结构较为保守,蛋白质均含有甘露聚糖酶的核心基序.玉米MAN基因具有不同的表达模式,部分基因在发育叶片中表达量较高,部分基因在减数分裂期雄穗中表达量较高,而其余基因在胚芽鞘、初生根、授粉前果穗、花丝和发育种子中表达量较高.[结论]该研究结果为进一步研究玉米MAN基因功能奠定了基础.