磁珠富集法开发蕨麻SSR标记引物

• 作者: 包锦渊 富贵 李军乔 白世俊 韦梅琴
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 蕨麻 微卫星 磁珠富集 分子标记
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 124-134
• 页数: 11页
• 字数: 8458字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11686/cyxb2017144

摘要

微卫星序列(SSR)因具有分布广、共显性遗传、稳定、多态性丰富等优点而被广泛应用于动植物遗传研究中.利用EcoR Ⅰ,Mse Ⅰ 2种内切酶酶切蕨麻基因组,酶切片段与用生物素标记的探针(AG)15、(GT)15杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、含有SSR片段的基因组片段被吸附,再经洗脱、PCR扩增、克隆和测序,完成微卫星序列的收集.共获得有效克隆236个,随机挑选其中80个进行测序,结果显示68条序列(85％)为唯一序列,挑选出其中40条含有SSR位点的序列,用引物设计软件Primer 5成功设计出40对引物,经初步筛选,最终获得多态性丰富,可稳定扩增的SSR引物20对,扩增成功率达50％.对20对引物扩增结果做了初步分析,扩增出多态性位点共338个,平均每对引物扩增出17个,平均有效等位基因数(Ne)、多态性信息含量(PIC)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)平均值分别为1.2440、0.8996、0.1768和0.3078.20对SSR引物为蕨麻遗传变异研究提供了新的分子标记工具.