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摘要:
目的 基于高通量测序技术,开发一款轻量级的、使用方便的快速病毒鉴定工具.方法 构建本地化的病毒核酸序列数据库,对大型公共数据库中的病毒核酸序列,按同源性进行去冗余等处理.基于该数据库,实现自动化的数据库比对、de novo拼接和再比对的生物信息学流程,解读数据中病毒的信息.采用Django框架,对数据库、流程和结果进行封装,使用中文操作界面,并采取一键出结果的方式,用图表的形式在浏览器端展示病毒分析结果.结果 该工具可安装运行于普通个人计算机.利用5例腺病毒非培养样本高通量测序数据(1.78 Gbp)和5例埃博拉病毒非培养样本数据(0.93 Gbp)进行测试,分别在2.9和67.9 min完成整个分析流程,并返回正确、易读的病毒物种的分析结果.结论 该工具部署方便、操作简单,可快速实现病毒物种水平的鉴定,适用于生物安全事件的快速响应,为病毒病原体进一步确证和研究提供依据和参考.
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文献信息
篇名 基于高通量测序数据的快速病毒物种分析工具
来源期刊 军事医学 学科 医学
关键词 病毒鉴定 病毒数据库 高通量测序 埃博拉病毒 酶联免疫吸附测定 聚合酶链反应 计算生物学
年,卷(期) 2018,(3) 所属期刊栏目 技术方法
研究方向 页码范围 220-226
页数 7页 分类号 R373
字数 6617字 语种 中文
DOI 10.7644/j.issn.1674-9960.2018.03.012
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 伯晓晨 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所 8 7 1.0 2.0
2 苏亚男 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所 1 0 0.0 0.0
3 李非 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所 2 4 1.0 2.0
4 倪铭 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所 2 1 1.0 1.0
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研究主题发展历程
节点文献
病毒鉴定
病毒数据库
高通量测序
埃博拉病毒
酶联免疫吸附测定
聚合酶链反应
计算生物学
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
军事医学
月刊
1674-9960
11-5950/R
大16开
北京太平路27号
82-757
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