基于高通量测序数据的快速病毒物种分析工具

• 作者: 伯晓晨 倪铭 李非 苏亚男
• 来源期刊: 军事医学
• 学科: 医学
• 关键词: 病毒鉴定 病毒数据库 高通量测序 埃博拉病毒 酶联免疫吸附测定 聚合酶链反应 计算生物学
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 技术方法
• 页码范围: 220-226
• 页数: 7页
• 分类号: R373
• 字数: 6617字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7644/j.issn.1674-9960.2018.03.012

摘要

目的 基于高通量测序技术,开发一款轻量级的、使用方便的快速病毒鉴定工具.方法 构建本地化的病毒核酸序列数据库,对大型公共数据库中的病毒核酸序列,按同源性进行去冗余等处理.基于该数据库,实现自动化的数据库比对、de novo拼接和再比对的生物信息学流程,解读数据中病毒的信息.采用Django框架,对数据库、流程和结果进行封装,使用中文操作界面,并采取一键出结果的方式,用图表的形式在浏览器端展示病毒分析结果.结果 该工具可安装运行于普通个人计算机.利用5例腺病毒非培养样本高通量测序数据(1.78 Gbp)和5例埃博拉病毒非培养样本数据(0.93 Gbp)进行测试,分别在2.9和67.9 min完成整个分析流程,并返回正确、易读的病毒物种的分析结果.结论 该工具部署方便、操作简单,可快速实现病毒物种水平的鉴定,适用于生物安全事件的快速响应,为病毒病原体进一步确证和研究提供依据和参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	伯晓晨	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	8	7	1.0	2.0
2	苏亚男	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	1	0	0.0	0.0
3	李非	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	2	4	1.0	2.0
4	倪铭	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	2	1	1.0	1.0