濒危植物羊踯躅全基因组SSR标记开发与鉴定研究

• 作者: 刘梦露 张金 戴亮芳 李海燕 程马龙 罗向东 谢建坤
• 来源期刊: 西北植物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 濒危物种 羊踯躅 微卫星标记 多态性
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 850-857
• 页数: 8页
• 分类号: Q789
• 字数: 1414字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7606/j.issn.1000-4025.2018.05.0850

摘要

该研究利用基于全基因组限制性酶切位点简化基因组测序技术(RAD-seq技术),开发濒危植物羊踯躅(Rhododendron molleG.Don)全基因组SSR标记,并对3个群体共63份羊踯躅材料进行验证鉴定,为进一步研究羊踯躅的遗传多样性和群体遗传结构以及保护利用提供技术支持.结果显示:(1)羊踯躅基因组测序获得原始数据7.653G bp,过滤后为7.513G bp;经组装发现,羊踯躅171.534Mbp的基因组分布在498 252 contigs中.(2)通过SSR检测,在11 961SSR位点中获得了11 687对SSR分子标记,并且二核苷酸为基序的重复类型最丰富,达51.76％.(3)随机选取128对SSR标记在6个羊踯躅株系中进行PCR扩增,获得20对高多态性的SSR标记.(4)用所选的20对多态性SSR标记对3个群体共63份羊踯躅材料进行验证分析发现,这些多态性SSR标记位点的等位基因数为4～16个,期望杂合度(He)为0.489～0.908.研究表明,羊踯躅的SSR丰度适中,且二核苷酸为羊踯躅中最丰富的重复序列,该实验进一步证明RAD-seq技术是一种经济有效的基因测序方法,实验中开发的SSR引物将有助于进一步研究羊踯躅和其他近缘种的群体结构和多样性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	戴亮芳	江西师范大学生命科学学院	21	156	8.0	11.0
2	罗向东	江西师范大学生命科学学院	33	270	9.0	14.0
3	谢建坤	江西师范大学生命科学学院	38	258	9.0	14.0
4	李海燕	江西师范大学生命科学学院	11	10	1.0	3.0
5	刘梦露	江西师范大学生命科学学院	3	6	1.0	2.0
6	程马龙	江西师范大学生命科学学院	2	6	1.0	2.0
7	张金	江西师范大学生命科学学院	1	1	1.0	1.0