甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析

• 作者: 张超凡 邹学校 黄艳岚
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 农学
• 关键词: Small RNA测序 杆状病毒 甘薯杆状病毒 全基因序列 序列分析
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 细胞生物学、生理学、生物化学、分子生物学
• 页码范围: 790-798
• 页数: 9页
• 分类号: S432.41
• 语种: 中文
• DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000399

摘要

利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个.首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B (FJ560944)相似性为78％.分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增.引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3 150、2 900和3 500 bp目的条带.序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7 894 bp(MK052980)和7 981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框.进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81％和83％,与SPBV-B相似性分别为86％和94％.MK052980和MK052981具有89.5％的相似性.经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异.这是国内首次报道SPBV-B全基因序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张超凡		41	188	8.0	12.0
2	黄艳岚		42	177	8.0	11.0
3	邹学校		1	0	0.0	0.0