基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取       
摘要:
目的 通过对TCGA数据库中胃癌高通量测序数据进行分析,寻找新的胃癌预后相关的基因,为后续研究提供数据支持.方法 下载TCGA数据库中375例胃癌组织和45例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据及患者相关临床资料信息,基于R语言进行数据整理与合并后统一标准化分析.利用edgeR和DEseq软件包进行基因表达差异分析;结合患者临床资料,利用单因素和多因素COX回归函数对筛选得到的差异基因进行生存分析并筛选出具有临床意义的基因.结果 通过edgeR和DEseq分析后交集得到364个基因.随后对其功能富集发现这些基因主要集中在蛋白质消化吸收,药物及外源性物质代谢P450系统以及化学致癌,胃酸分泌等通路上.单因素COX回归分析显示,FAP、FAT3、PDK4、ZNF365等4个基因对胃癌患者预后存在显著影响.多因素逐步COX回归显示,FAP和PDK4构建的风险模型对胃癌患者预后具有判断作用.结论 FAP、FAT3、PDK4、ZNF3654个基因可能成为胃癌预后判断的指标,为后续的临床和基础实验提供数据支持.
推荐文章
基于TCGA数据库的肾癌自噬相关基因预后模型的建立与应用
肾细胞癌
预后
自噬基因
TCGA数据库
Cox比例回归模型
基于癌症基因组图谱构建胃癌预后评估模型
胃肿瘤
预后
基因表达谱
计算生物学
基于TCGA数据初步探查肝内胆管癌预后相关基因
肝内胆管癌
TCGA数据库
预后相关基因
生物学标志物
通路富集
基于TCGA数据库建立的八基因预后模型在 乳腺癌中的应用
乳腺肿瘤
预后
基因
TCGA数据库
Cox比例回归模型
内容分析
关键词云
关键词热度
相关文献总数  
(/次)
(/年)
文献信息
篇名 基于TCGA数据初步筛选胃癌预后相关基因
来源期刊 临床检验杂志 学科 医学
关键词 胃癌 TCGA数据库 预后 生物学标志物
年,卷(期) 2019,(5) 所属期刊栏目 循征医学
研究方向 页码范围 396-400
页数 5页 分类号 R446|R735.2
字数 2637字 语种 中文
DOI 10.13602/j.cnki.jcls.2019.05.18
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 蒋显勇 湘南学院附属医院检验科 59 275 9.0 14.0
2 袁才佳 湘南学院附属医院检验科 37 112 6.0 8.0
3 夏勇 湘南学院附属医院检验科 3 30 2.0 3.0
4 陈春玲 湘南学院附属医院检验科 7 37 3.0 6.0
5 张显萍 湘南学院附属医院检验科 2 3 1.0 1.0
6 李莹 湘南学院附属医院肿瘤科 2 3 1.0 1.0
传播情况
(/次)
(/年)
引文网络
引文网络
二级参考文献  (111)
共引文献  (357)
参考文献  (17)
节点文献
引证文献  (3)
同被引文献  (5)
二级引证文献  (0)
1953(1)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(1)
1990(1)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(1)
1993(2)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(2)
1997(1)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(1)
2000(3)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(3)
2001(2)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(2)
2002(2)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(2)
2003(3)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(3)
2004(2)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(2)
2005(5)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(5)
2006(3)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(3)
2007(6)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(6)
2008(5)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(5)
2009(8)
  • 参考文献(1)
  • 二级参考文献(7)
2010(9)
  • 参考文献(1)
  • 二级参考文献(8)
2011(5)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(5)
2012(6)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(6)
2013(1)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(1)
2014(11)
  • 参考文献(4)
  • 二级参考文献(7)
2015(18)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(18)
2016(11)
  • 参考文献(2)
  • 二级参考文献(9)
2017(15)
  • 参考文献(4)
  • 二级参考文献(11)
2018(8)
  • 参考文献(5)
  • 二级参考文献(3)
2019(1)
  • 参考文献(0)
  • 二级参考文献(0)
  • 引证文献(1)
  • 二级引证文献(0)
2019(1)
  • 引证文献(1)
  • 二级引证文献(0)
2020(2)
  • 引证文献(2)
  • 二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
胃癌
TCGA数据库
预后
生物学标志物
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
临床检验杂志
月刊
1001-764X
32-1204/R
大16开
南京市中央路42号
28-104
1983
chi
出版文献量(篇)
5950
总下载数(次)
22
论文1v1指导