基于TCGA挖掘肺腺癌微环境预后相关基因

• 作者: 成天琼 陈学农
• 来源期刊: 遵义医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肺腺癌 肿瘤微环境 免疫评分 基质评分 生存分析
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 临床医学研究
• 页码范围: 221-228
• 页数: 8页
• 分类号: R734.2
• 字数: 4616字
• 语种: 中文

摘要

目的 本研究旨在阐明肺腺癌微环境相关基因对肺腺癌预后的影响,获取可预测肺腺癌患者预后不良的肿瘤微环境相关基因.方法 ESTIMATE算法应用于在TCGA(The cancer genome atlas)数据库下载的肺腺癌转录组数据,然后将样品分为两个组:高和低免疫评分组、高和低基质评分组,探讨肺腺癌整体存活率、临床分期与基质评分和免疫评分的潜在相关性,筛选与患者预后不良有关的差异表达基因(DEGs).随后进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,以探索DEGs的潜在功能;进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以探索这些DEGs之间的关系;最后探讨单个DEG的潜在预后价值,对DEGs和总体生存(OS)之间进行生存分析最终获取肺腺癌患者预后相关的肿瘤微环境相关基因.结果 筛选出124个肿瘤微环境相关基因与肺腺癌OS相关(Wilcoxon,P<0.05),其中6个基因与OS显著相关(P<0.001).GO、KEGG分析表明,筛选出的DEGs主要参与免疫细胞增殖和激活、免疫反应、细胞外基质和膜的细胞成分相关.PPI网络分析显示核心基因有FPR2、C3AR1、MCHR1等.结论 我们发现6个肿瘤微环境相关基因与肺腺癌的预后不良显著相关.这些基因可能会启发研究人员发现新的治疗肺腺癌的靶点及方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	成天琼	遵义医科大学附属医院康复医学科	2	0	0.0	0.0
2	陈学农	遵义医科大学附属医院针灸科	2	0	0.0	0.0