金铁锁转录组SSR的分布及其序列特征

• 作者: 刘成 叶鹏 李显煌 杨生超 瞿绍宏 董章宏 辛培尧 陈杰 雷瀚
• 来源期刊: 云南农业大学学报（自然科学）
• 学科: 农学
• 关键词: 金铁锁 SSR 转录组
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 药材·茶叶科学
• 页码范围: 808-814
• 页数: 7页
• 分类号: Q943.2|S567.239
• 字数: 3288字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201811088

摘要

[目的]分析云贵地区金铁锁转录组中SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的大量开发奠定基础.[方法]以金铁锁嫩叶为材料,经转录组测序后,利用MISA软件进行de novo组装;使用Excel软件进行分析并用Primer 3软件设计引物.[结果]从77 942条Unigenes序列中共检测到6 660个微卫星位点,出现频率为8.54％,平均分布距离为401.64kb.检测到的SSR位点中以三核苷酸和二核苷酸出现频率最高,分别占58.69％和35.77％,而以五核苷酸最少(1.24％).AG/TC与GA/CT是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的12.66％和10.45％.CTT/GAA和AAC/TTG在三核苷酸中出现频率最高,占总基元的3.71％和3.60％.根据转录组的测序结果,金铁锁转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力.根据转录组的测序结果,随机选出82对引物用于检测,其中有20对引物能扩增出清晰且单一的谱带.[结论]金铁锁转录组所产生的Unigene是开发SSR的有效来源,而获得的SSR引物可以为金铁锁种质资源的遗传变异研究提供更多的标记.