大豆GmGLRs基因全基因组鉴定与表达分析

• 作者: 何晓兰 倪万潮 刘来华 崔晓霞 巩元勇 束红梅 赵硕 郭书巧
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 大豆基因组 GmGLRs基因 生物信息学 表达分析
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: S562.03|Q78
• 字数: 3953字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.20190234

摘要

为明确大豆GmGLRs基因家族的结构特征以及不同组织的表达模式,利用生物信息学的方法,从全基因组水平鉴定了大豆GmGLRs基因家族,并对其染色体定位、系统进化关系、基因结构、跨膜结构域及组织表达模式进行分析.结果表明,在大豆基因组(Wm82.a2.v1)全基因组信息中共鉴定出17个GmGLRs基因.基因定位显示,这些基因不均匀的分布在10条染色体上,有5条染色体各分布1个GmGLRs基因,有3条染色体各分布2个GmGLRs基因,有2条染色体各分布3个GmGLRs基因.系统进化树分析将这些基因分为2个亚族,有2个GmGLRs基因在一个亚族,其他15个GmGLRs基因在另一个亚族,这些基因在系统进化关系上成对出现,表现出很高的同源性.基因结构分析表明,这些基因基本上都具有6个外显子,只有1个基因有7个外显子.此外,大豆GmGLRs基因的CDS序列长度差异不大,最长的CDS长度是2844 bp,最短的CDS长度是2409 bp,平均长度为2748 bp.跨膜结构域预测结果表明,10个GmGLRs蛋白有3个跨膜结构域,4个GmGLRs蛋白有4个跨膜结构域,2个GmGLRs蛋白有5个跨膜结构域,1个GmGLR蛋白有2个跨膜结构域.组织表达模式研究显示,这些基因没有表现出组织特异性的差异,但是在表达丰度上存在显著差异,高、中、低丰度表达基因数分别为8,5,4个.结果为大豆GmGLRs基因的克隆和功能研究提供了理论基础.