Bta-miR-223靶基因及调控网络的生物信息学分析

• 作者: 刘娟 李鑫丽 沈冰蕾 王宇轩 罗林 邹紫雯 韩硕
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: bta-miR-223 靶基因预测 蛋白质互作 信号通路 调控网络
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 2171-2174
• 页数: 4页
• 分类号: S857.26
• 字数: 2054字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.10.025

摘要

旨在预测奶牛microRNA-223(bta-miR-223)的候选靶基因,并对其进行蛋白质互作分析、信号通路富集分析,构建其可能参与的调控网络,为bta-miR-223参与乳腺炎抗性调控机制研究提供理论依据.利用Targetscan和miRWalk在线分析工具预测其候选靶基因,利用STRING和DAVID在线分析工具分别对候选靶基因进行蛋白质互作分析以及KEGG通路分析,最后使用Cytoscape可视化软件绘制bta-miR-223候选靶基因可能重点参与的调控网络.结果 表明,bta-miR-223候选靶基因FBXO30与SMURF2,FBXW7与UBA2等存在蛋白互作关系.KEGG通路富集分析结果显示,这些候选靶基因参与上皮细胞的细菌入侵、胞吞作用以及PI3K-Akt、TGF-p、AMPK等信号通路.结果 提示,bta-miR-223的候选靶基因FBXO30、SMURF2、FBXW7、UBA2等可能通过参与抗原加工、先天免疫系统和中性粒细胞脱颗粒反应,以及上皮细胞的细菌入侵、胞吞作用、PI3K-Akt等信号通路发挥重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	沈冰蕾	黑龙江八一农垦大学动物科技学院	38	47	4.0	5.0
2	王宇轩	黑龙江八一农垦大学动物科技学院	3	0	0.0	0.0
3	韩硕	黑龙江八一农垦大学动物科技学院	4	1	1.0	1.0
4	邹紫雯	黑龙江八一农垦大学动物科技学院	4	1	1.0	1.0
5	刘娟	黑龙江八一农垦大学动物科技学院	4	1	1.0	1.0
6	罗林	黑龙江八一农垦大学动物科技学院	2	0	0.0	0.0
7	李鑫丽	黑龙江八一农垦大学动物科技学院	1	0	0.0	0.0