基于蝙蝠算法的蛋白质网络功能模块检测

• 作者: 冀俊忠 徐嘉豪 杨翠翠
• 来源期刊: 浙江大学学报（工学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质相互作用网络(PPIN) 功能模块检测 蝙蝠算法 扰动 自适应变异 自然选择
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 化学工程、生物工程
• 页码范围: 1618-1629
• 页数: 12页
• 分类号: Q811|TP301
• 字数: 10232字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3785/j.issn.1008-973X.2019.08.021

摘要

为了得到更好的蛋白质功能模块,揭示蛋白质的功能,利用蝙蝠算法对蛋白质相互作用网络(PPINs)进行功能模块检测.每个蝙蝠个体所在的位置代表一种候选的功能模块划分,将PPIN中每个蛋白质节点与其所有邻居节点组成邻居有序表,采用在邻居有序表中随机游走的编码方式进行种群的初始化;在种群优化过程中,设计定向局部扰动、随机扰动、基于距离和频率的自适应变异、自然选择4种寻优机制来进行解的随机优化.在5个不同规模的酵母菌PPIN数据集上,将所提出方法与6种经典算法进行对比实验.结果表明,所提出方法检测到的功能模块中有较多模块与标准模块相匹配,并且所提出算法在覆盖率、召回率、灵敏度、正的预测率、准确度评价指标上均表现突出,验证了所提出方法的有效性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冀俊忠	北京工业大学多媒体与智能软件技术北京市重点实验室	58	626	14.0	23.0
2	杨翠翠	北京工业大学多媒体与智能软件技术北京市重点实验室	5	12	2.0	3.0
3	徐嘉豪	北京工业大学多媒体与智能软件技术北京市重点实验室	1	0	0.0	0.0