基于棉花转录组测序的SSR分子标记的开发

• 作者: 刘冬梅 吴狄 喻拥 娄喜艳 裴冬丽
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 棉花 转录组测序 SSR 分子标记 引物设计
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 32-35
• 页数: 4页
• 分类号: S562.024
• 字数: 2441字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2019.07.008

摘要

通过对棉花转录组进行测序获得的57 695条Unigenes,利用MISA软件进行搜索,得出简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)的分布情况,共挖掘检索得到1 886个SSR位点,SSR的出现频率为3.27％.所有SSR位点分布于1 759条Unigenes上,发生频率为3.05％,平均每20.8 kb会出现1个SSR位点.有117条Unigenes含有1个以上SSR位点,含有复合型SSR的Unigenes数目为56条,其中三核苷酸基元类型分布最多,SSR数量为1 582个,占挖掘出总SSR数量的83.88％,而单、二、四、五、六核苷酸重复类型所占的比例较小.最后通过Primer 3程序进行SSR引物设计,得到部分引物序列,可用于棉花遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及种质资源的保存等.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	娄喜艳	商丘工学院土木工程学院	22	68	4.0	7.0