两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性分析

• 作者: 陆奇丰 骆文华 黄至欢
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: 美丽梧桐 云南梧桐 叶绿体基因组 密码子偏性 最优密码子
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 生理与育种
• 页码范围: 173-183
• 页数: 11页
• 分类号: Q943.2
• 字数: 6354字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201811035

摘要

为了分析美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组密码子的使用偏性,该研究通过筛选美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组中各52条蛋白编码序列,并利用CodonW、CUSP 和SPSS软件对其密码子使用模式及偏性进行了分析.结果表明:(1)美丽梧桐、云南梧桐的GC含量分别为38.12％、38.05％,表明叶绿体基因组内富含A/T碱基.(2)有效密码子数(ENC)范围为36.91～56.46、36.55～58.04,表明多数密码子偏性较弱.(3)相对同义密码子(RSCU)分析显示,RSCU>1的密码子各有29个,其中28个以A、U结尾.(4)中性绘图显示,GC3 与GC12的相关性不显著,回归曲线斜率分别为0.195和0.304,说明密码子偏好性主要受到自然选择的影响.(5)ENC-plot分析中大部分基因分布于曲线的周围和下方,ENC比值多分布于-0.04～0.10之间,表明突变会影响密码子偏性的形成.此外,17、18个密码子分别被鉴定为美丽梧桐、云南梧桐的最优密码子.以上结果说明美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受选择和突变共同作用,且使用模式较为相似,但具有一定的差异,可能与适应环境的进化机制有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	骆文华	广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所	19	162	9.0	12.0
2	陆奇丰	广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所	6	7	2.0	2.0
3	黄至欢	广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所	6	7	2.0	2.0