甜菜CPD基因家族生物信息学分析

• 作者: 张少英 朱晓庆 李宁宁 王玮
• 来源期刊: 中国糖料
• 学科: 农学
• 关键词: 甜菜 基因 蛋白 BvCPD Bv2_qyup 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传育种?生物技术
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: S566.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13570/j.cnki.scc.2020.04.001

摘要

BvCPD基因编码细胞色素P450类固醇侧链羟化酶(CYP90),调控油菜素甾醇(BRs)的生物合成.为探索BvCPD基因在甜菜生长发育中的功能,通过HMM和BLAST在甜菜基因组数据中检索P450保守结构域序列,并对其家族成员进行分析.结果 表明:共检测到76个BvCPD家族成员,聚为10个亚组,其中,第Ⅱ亚组的BvCPD家族成员最多(16个);染色体定位结果显示,甜菜9条染色体上均有BvCPD基因分布,其中第7条染色体上分布最多,但仍有10个家族成员尚未明确定位;BvCPD蛋白共有10个保守性模体,模体2和模体7存在于所有BvCPD家族成员中.进一步对BvCPD家族成员中的Bv2_qyup进行分析发现,该基因编码473个氨基酸,相对分子量为54.11 kDa,等电点为8.85,其编码的蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,可能定位于细胞质中,是一种含信号肽的亲水跨膜蛋白,存在44个磷酸化位点;同源多重比对发现,Bv2_qyup与藜麦、菠菜、毛果杨、黄瓜和拟南芥CPD的同源性较高.研究结果将为BvCPD基因克隆和功能鉴定提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张少英		92	849	15.0	24.0
2	朱晓庆		1	0	0.0	0.0
3	李宁宁		1	0	0.0	0.0
4	王玮		4	19	1.0	4.0