转录组测序法研究草珊瑚叶和根的基因差异表达

• 作者: 卢伟 张家源 祁克明 车苏容 魏艺聪
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 医学
• 关键词: 草珊瑚 叶 根 Illumina测序 基因差异表达分析 次生代谢
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 园艺科学
• 页码范围: 598-610
• 页数: 13页
• 分类号: R932
• 字数: 7856字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.06.005

摘要

[目的]从基因表达的水平,初步分析草珊瑚叶和根之间次生代谢差异的分子机制,为二者之间临床疗效差异形成的分子机制分析提供信息.[方法]以福建省福州市的草珊瑚作为样品,采用Illumina HiSeqTM高通量测序技术测定草珊瑚叶和根的转录组,然后经过滤和Trinity组装,得到的unigenes再通过blast与Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-Prot、Kegg和GO进行比对注释,并对叶和根的基因差异表达进行分析,尤其是对KEGG代谢通路富集的差异基因进行分析.[结果]转录组测序结果共获得0.4亿多个clean reads,经Trinity组装后共得到508271个unigenes,其平均长度为740 bp,最大长度为17.3 kb.基于blast分析,共有148561个unigenes在七大功能注释数据库中得到成功注释,占总基因数的58.80％.在分析基因表达水平差异时,发现草珊瑚叶和根的共同基因有93127个,叶和根的差异基因分别为36327个和52268个;同时还发现在29732种不同表达的unigenes中,有12511个上调基因和17221个下调基因;代谢相关KEGG具有显著差异的通路有淀粉和蔗糖代谢、苯丙烷类生物合成、乙醛酸和二羧酸代谢、光合生物的固碳作用、吞噬体、谷胱甘肽代谢、光合作用、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢、倍半萜类和三萜类生物合成、卟啉和叶绿素代谢、氮素代谢、昼夜节律-植物、光合作用-天线蛋白、芪类、二芳基庚酸和姜酚生物合成、不饱和脂肪酸生物合成、柠檬烯和蒎烯降解、类胡萝卜素生物合成、二萜类生物合成、类黄酮生物合成、脂肪酸延伸等.其中与药效密切相关的次生代谢通路苯丙烷类、倍半萜类和三萜类、二萜类、类黄酮类生物合成等途径分别有193个、82个、40个、35个差异表达基因,而上调倍半萜合酶、ent-kaur-16-烯合酶、黄酮醇合酶/黄烷酮3-羟化酶等基因和下调8-羟基香叶醇脱氢酶、vinorine合酶、角鲨烯合酶等关键酶基因差异显著.[结论]草珊瑚叶和根中苯丙烷类、倍半萜类和三萜类、二萜类、类黄酮次生代谢途径的相关基因差异最为显著,其中差异显著的关键酶基因可为分析其叶和根之间次生代谢差异的分子机制提供重要信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	车苏容		21	99	6.0	9.0
2	卢伟		15	30	3.0	4.0
3	魏艺聪		24	97	6.0	8.0
4	张家源		1	0	0.0	0.0
5	祁克明		1	0	0.0	0.0