白菜PRX基因家族的鉴定与生物信息学分析

• 作者: 侯金锋 唐小燕 张磊 李广 汪承刚 王浩 袁凌云 陈国户
• 来源期刊: 浙江大学学报（农业与生命科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 白菜 过氧化物酶 全基因组鉴定 转录组分析
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 数量遗传与生物信息
• 页码范围: 677-686
• 页数: 10页
• 分类号: S634.1|Q341
• 语种: 中文
• DOI: 10.3785/j.issn.1008-9209.2020.06.011

摘要

为深入研究白菜(Brassica rapa)第Ⅲ类过氧化物酶(classⅢperoxidases,PRX)家族基因(BrPRX)的相关功能,通过全基因组分析技术鉴定其家族成员,并对其进行生物信息学分析.结果表明:白菜基因组共有121个PRX基因,含有0～9个数量不等的内含子,在染色体上呈不均等分布,并有多对基因串联重复;系统进化树分析将白菜与拟南芥PRX家族基因分成5个簇;共线性与Ka/Ks分析表明,白菜和拟南芥之间有较高的同源性,且大部分BrPRX家族基因在进化中受到纯化选择;顺式作用调控元件分析发现,8个BrPRX基因与激素响应调节、光响应和抗逆等相关;此外,转录组数据表明,BrPRX基因具有组织表达特异性,且部分BrPRX基因在雄性不育材料中下调表达.上述研究结果为进一步研究白菜PRX基因功能奠定了基础.