基于SLAF-seq技术构建栽培草莓高密度遗传图谱

• 作者: 董辉 杨莉 李莉 张建军 范婧芳 宋世佳 杨雷 李海山
• 来源期刊: 华北农学报
• 关键词: 栽培草莓 SLAF-seq SNP标记 高密度遗传图谱
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术|Crop Genetics·Germplasm Resources·Biotechnology
• 页码范围: 52-57
• 页数: 6页
• 分类号: S668.03
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.20191341

摘要

为大量开发SNP用于构建栽培草莓高质量的遗传图谱,以国产草莓品种红星为母本,日本草莓品种红颜为父本构建F1群体,采用SLAF-seq技术和HighMap软件,对2个亲本和200个F1子代群体进行高通量测序、SNP标记的开发及高密度遗传图谱的构建.通过高通量测序,共获得565 919 066 reads,平均质量Q30为95.36％,平均GC含量为39.68％,样本GC分布正常.通过生物信息学分析,共获得717 881个SLAF标签,2 136 939个SNP标记,其中有56 237个SNP为高质量标记可用于遗传图谱标记的定位和构建.共构建了28个连锁群,总图距为4 022.16 cM,该图SNP标记14 412个,完整度为99.84％,标记间的平均距离为0.28 cM.通过对遗传图谱单体来源进行评估,结果表明每个个体中较大区段均来源于亲本;通过连锁关系热图对相邻标记间的连锁关系进行分析,结果表明,每个连锁群上的大部分标记顺序与基因组保持一致,标记顺序正确,图谱质量高.这是栽培草莓中首次采用SLAF-seq技术构建的高密度SNP遗传图谱,为栽培草莓的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础.