瓠瓜幼叶转录组功能基因测序及分析

• 作者: 徐同伟 杜文丽 许端祥 赵瑞丽 陈中钐 高山
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 瓠瓜 转录组 功能分析 SSR
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1163-1177
• 页数: 15页
• 字数: 8057字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2020.06.1163

摘要

为探讨瓠瓜转录组功能基因信息,对福州芋瓠瓠瓜叶片进行了Illumina Hiseqxten高通量无参转录组测序分析,共获得664 252 268个reads片段,经序列组装共计获得87 518个Unigene,总长度高达91 405 320 bp,76.03％的Unigene长度主要集中在1～1 000 bp.功能注释结果显示,有55 725个Unigene在Nr数据库获得注释,注释到葫芦科的Unigene数量最多,有26 354个,占总Unigene的47.29％.GO数据库注释到18 278个Unigene,可以分为分子功能、细胞组分和生物学过程共三大类的55个亚类.COG数据库中有41 635个Unigene获得注释,分布在信息存储与处理、细胞过程和信号传递、新陈代谢、无特征基因四大类的25个功能区域,其中参与氨基酸运输和代谢的Unigene数量最多.KEGG数据库中有24 770个Unigene获得注释,涉及到220个KEGG代谢途径.SSR位点检索结果显示,包含SSR序列的8 617条Unigene中存在11 029个SSR位点,发生频率为9.846％.本研究结果为进一步深入开展瓠瓜功能基因研究和SSR分子标记开发奠定了重要基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高山		43	191	8.0	12.0
2	许端祥		35	108	6.0	9.0
3	杜文丽		11	7	2.0	2.0
4	陈中钐		16	25	2.0	4.0
5	赵瑞丽		8	4	1.0	1.0
6	徐同伟		4	1	1.0	1.0