全基因组重测序技术揭示蒙古牛无角性状变异

• 作者: 吴迪 周新宇 李光鹏 武云喜 白春玲 罗荣松 谷明娟 高丽 魏著英
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蒙古牛 无角性状 全基因组重测序 SNP InDel
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1960-1969
• 页数: 10页
• 分类号: S823.9+4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.11.006

摘要

在现代养殖业中,牛无角性状对提高动物福利、降低养殖成本有重要意义.本研究提取7头蒙古牛(Bos taurus)基因组DNA(其中3头有角,4头无角),制备基因组文库,经Illumina HiSeqTM平台测序,利用生物信息学方法对重测序数据进行分析,对识别的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和插入缺失(insertion/deletions,InDels)进行注释.结果共得到380.88 Gb序列数据,共确定了11362382个SNPs和1150664个InDels,大部分变异(96％的SNPs和94％的InDels)位于基因间、转录本和内含子区,注释3768个基因.经过筛选,确定与角发育相关差异基因20个.同时利用SNPs和InDels进行群体分层分析,发现无角性状没有造成蒙古牛的遗传分化.以全基因组重测序数据结合聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)琼脂糖凝胶电泳和Sanger测序结果,确定控制蒙古牛无角形状的POLLED位点为P219ID突变型.本研究为进一步研究蒙古牛无角性状的分子机制提供基础数据,为蒙古牛的遗传特性提供有价值的资源.