一种预测判断蛋白质DNA相互作用位点的新方法

• 作者: 李校 王皆恒
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质-DNA相互作用位点预测 支持向量机 序列匹配算法
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 生物学
• 页码范围: 1009-1014
• 页数: 6页
• 分类号: Q811.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0490-6756.2020.05.028

摘要

蛋白质-DNA相互作用位点在各类生理生化反应中扮演重要角色.本论文旨在构建一种可以准确预测"相互作用位点"的方法:PdDNA,其内容主要包括支持向量机和序列匹配器.支持向量机通过提取相互作用位点中心残基的特征进行训练并分类,序列匹配器则通过蛋白质特征矩阵(PSSM)对氨基酸序列进行相关性评估,对二者结果进行归一化整合,得到最终的预测结果.利用公开数据集PDNA_62,我们的PdDNA预测准确率为86.87％.为进一步验证PdDNA可靠性,我们还自建了PDNA_224数据集,其预测准确率为83.07％,处于较高水平.因此PdDNA是一种有效的"蛋白质-DNA相互作用位点"预测方法.