基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析

• 作者: 廖小庭 詹若挺 韩正洲 马庆 马新业
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 三叉苦 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列
• 年，卷（期）: 2020,（14）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 3777-3784
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2020.14.023

摘要

目的 获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征.方法 以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeqTM 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析.结果 转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt.BLAST分析显示分别有42 749 (61.92％)、31 152 (45.84％)、26 563 (39.0 9％)、17 481 (25.72％)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9 807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群.预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1％,五碱基重复SSRs相对较少,占2.2％.结论 利用高通量测序技术和生物信息分析获得三叉苦转录组信息特征,为后续三叉苦功能基因的挖掘、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩正洲		22	94	7.0	8.0
2	廖小庭		1	0	0.0	0.0
3	马新业		1	0	0.0	0.0
4	马庆		5	3	1.0	1.0