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鸟分枝杆菌MAV_2928基因编码蛋白的生物信息学分析
鸟分枝杆菌MAV_2928基因编码蛋白的生物信息学分析
作者:
陈晓文
陈越
高婧华
吴利先
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
鸟分枝杆菌
MAV_2928
PPE25-MAV
生物信息学分析
摘要:
目的 运用生物信息学方法分析鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白的结构与功能. 方法 从NCBI数据库获取MAV_2928基因编码蛋白氨基酸序列;使用protParam和PortScale工具分析该基因编码PPE25-MAV蛋白的理化性质以及亲疏水性;分别运用SignaIP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0和PSORT Prediction工具预测PPE25-MAV蛋白的信号肽、跨膜区、亚细胞定位;采用NetPhos 3.1 Servera预测磷酸化位点,采用NCBI-Conserved domains分析蛋白的保守域结构;采用SPOMA软件在线分析PPE25_MAV蛋白二级结构,使用SWISS-MODEL建立三级结构模型.运用ABCpred软件和IEDB预测蛋白的B细胞抗原表位. 结果 MAV_2928基因全长为1 266 bp,编码蛋白PPE25-MAV含有421个氨基酸,为不稳定疏水蛋白,脂肪系数为72.66,无信号肽及跨膜区,定位于细胞质中.该蛋白含有52个磷酸位点,有1个保守域结构属于PPE超家族蛋白;二级结构以无规则卷曲为主,结构较松散.预测该蛋白含有7个B细胞优势抗原表位和24个Th细胞表位. 结论 PPE25-MAV蛋白含有多个磷酸化位点,参与细胞信号的转导,含有7个优势B细胞抗原表位,为该蛋白作为候选疫苗抗原提供了理论基础.
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文献信息
篇名
鸟分枝杆菌MAV_2928基因编码蛋白的生物信息学分析
来源期刊
中国病原生物学杂志
学科
关键词
鸟分枝杆菌
MAV_2928
PPE25-MAV
生物信息学分析
年,卷(期)
2021,(1)
所属期刊栏目
论著|ORIGINAL ARTICLES
研究方向
页码范围
17-21
页数
5页
分类号
R378.911
字数
语种
中文
DOI
10.13350/j.cjpb.210104
五维指标
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研究主题发展历程
节点文献
鸟分枝杆菌
MAV_2928
PPE25-MAV
生物信息学分析
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
中国病原生物学杂志
主办单位:
中华预防医学会
山东省寄生虫病防治研究所
出版周期:
月刊
ISSN:
1673-5234
CN:
11-5457/R
开本:
大16开
出版地:
山东省济宁市太白楼中路11号
邮发代号:
24-81
创刊时间:
1988
语种:
chi
出版文献量(篇)
6320
总下载数(次)
9
总被引数(次)
28373
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