基于高通量测序的日本医蛭转录组及SSR序列分析

• 作者: 余米 封孝兰 周梦 张承露 曹敏
• 来源期刊: 云南农业大学学报（自然科学）
• 关键词: 日本医蛭 转录组 简单重复序列标记
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 动物科学|Animal Science
• 页码范围: 250-259
• 页数: 10页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).202004062

摘要

[目的]分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息.[方法]应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析.[结果]共获得125.08 G有效数据,平均错误率为0.03％.经Trnity软件混合拼接后共得到202570条transcripts和52206条unigene,平均长度分别为1826 bp和1390 bp,最大长度均为30853 bp.将unigene与公共数据库进行比对,得到注释的unigene为29352条,占总数的56.22％.对unigene进行SSR检测,共检测到29926个SSR位点,发生频率是57.32％.SSR的核苷酸基元重复数都在5次以上,主要集中在5～10次(86.27％)之间,以三核苷酸和单核苷酸重复SSR为主,所占比例分别为74.07％和15.10％,核苷酸重复基元中,以A/T(4255,14.22％)为主,在三核苷酸重复基元中,ATC/ATG(9496,31.73％)所占比例最高.不同温度下日本医蛭转录组基因表达量差异比较数据显示,样本间表达差异基因共1603个.[结论]不同温度处理后日本医蛭的SSR发生频率较高,可为日本医蛭筛选分子遗传标记提供大量基础数据.