基于转录组RNA测序分析牙髓炎中的核心基因

• 作者: 高原 朱晓东 李梦圆 王宇萌 徐青清 张光东
• 来源期刊: 口腔生物医学
• 关键词: 牙髓炎 核心基因 生物标志物 转录组RNA测序 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 110-114
• 页数: 5页
• 分类号: R781.31
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-8603.2021.02.009

摘要

目的:筛选炎症牙髓与健康牙髓的差异表达基因.方法:对5例炎症牙髓样本和6例健康牙髓样本进行转录组RNA测序,筛选差异表达基因,进行生物信息学分析.结果:一共筛选出1216个差异表达基因,包括831个上调基因和385个下调基因.GO分析结果显示,差异基因主要富集于炎症反应、免疫反应和细胞粘附等功能;KEGG通路分析表明,差异基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、破骨细胞分化等炎症相关通路.基因集富集分析结果也富集于炎症反应通路、TNF-α信号通路以及IL6/JAK/STAT3信号通路.根据PPI网络中的节点连通度,共筛选出10个与牙髓炎相关的核心基因:PTPRC、ITGAM、CD86、IL10、TLR4、ITGB2、TYROBP、SPI1、LCP2、TLR2.结论:炎症牙髓与健康牙髓在整体基因表达上存在较显著的差异,差异表达基因大多富集于炎症和免疫反应的功能及信号通路,相关基因具有作为牙髓炎诊断生物标志物的潜在价值.