云南省1株基孔肯雅毒株全基因组序列测定及特征分析

• 作者: 陈瑶瑶 赵晓南 孙艳红 张美玲 周洁楠
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 关键词: 基孔肯雅病毒(CHIKV) 病毒分离 全基因组测序 序列分析
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 实验研究|Experimental Studies
• 页码范围: 221-224,229
• 页数: 5页
• 分类号: R373
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2021.00.019

摘要

目的 对1例缅甸输入基孔肯雅热病例血清标本进行病毒分离及全基因组测序,分析其基因特征.方法 采用real-time RT-PCR方法对标本进行检测,分离培养后获得毒株,对病毒核酸扩增后的产物进行全基因组测序,使用DNAStar 7.1软件对测序结果进行拼接,Mega5.0软件对序列进行比对和系统发生树构建.结果 病例血清标本核酸检测显示CHIKV阳性,经分离培养获得CHIKV毒株(YN0627株),全基因组测序得到其序列,YN0627全长为11 586 nt,其基因结构符合CHIKV的基因特征.系统进化分析显示,YN0627与东中南非洲遗传谱系(East,Central and South African Lineage,ECS A)的其他流行株聚集在一起,属于ECSA谱系.YN0627的编码区与参考序列相比,核苷酸同源性为85.24％～99.96％,氨基酸同源性为95.34％～99.97％,结构蛋白编码区域有28个氨基酸变异位点.结论 云南省输入性CHIKV-YN0627属于ECSA谱系,且观察到多个氨基酸位点突变,提示云南省应当加强对CHIKV的监测和研究.