豪猪血蜱转录组测序分析

• 作者: 汤起武 刘金宝 段德勇 程天印
• 来源期刊: 中国病原生物学杂志
• 关键词: 豪猪血蜱 全蜱 转录组测序 分析
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 论著|ORIGINAL ARTICLES
• 页码范围: 301-304
• 页数: 4页
• 分类号: R384.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.13350/j.cjpb.210312

摘要

目的 测序分析豪猪血蜱转录组,比较雌、雄成蜱差异表达基因及其通路,为豪猪血蜱的防制提供参考.方法 采用Illumina高通量技术对豪猪血蜱雌、雄成蜱进行转录组测序,将测序得到的数据进行拼接组装,利用生物信息学方法对所得序列进行功能注释、简单重复序列标记及雌雄蜱差异表达基因分析.结果 共获得181 246 184个clean reads数据,组装后得到90 957个unigenes序列,平均长度951.通过BLAST软件将所有unigenes序列与Nr,Nt,Pfam,KOG,Swiss-prot,KEGG,GO数据库进行比对.其中与Nr数据库比对发现豪猪血蜱基因序列与肩突硬蜱(Ix-odes scapularis)具有较高的同源性,为51.2％;在GO数据库中,有150 460个基因被注释,在56个功能群的二级分类中注释基因较多的是细胞过程(15 274个);获得KOG注释的基因序列有19 745个,将注释成功的基因按KOG的group进行分类,聚集较高的为一般功能预测基因2 071个(16.85％);注释为KEGG代谢通路相关的序列共有12 054个,在参与代谢通路5个分支中,细胞过程注释到的序列较高,为1 765个(14.64％).在各分支的亚支中,环境信息处理分支中的信号转导丰度较高(1 270,10.54％).通过SSR位点查找共鉴定出21 883个SSR;SNP分析显示发生转换的SNP数为961 890个,发生颠换的SNP数为509 232个.结论 通过对比豪猪血蜱雌、雄蜱差异表达基因及其通路,发现了胚胎发育和性别维持相关基因通路在雌蜱中的高表达,为豪猪血蜱控制策略的制定提供了理论基础.