鸡NRF1基因启动子区生物信息学分析

• 作者: 崔婷婷 韩瑞 王紫荷 任志鑫 秦旭 张迎雪 乔梦雪 刘洪林
• 来源期刊: 现代畜牧科技
• 关键词: 生物信息学 鸡NRF1基因 启动子 转录因子 CpG岛
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 研究与综述
• 页码范围: 6-8
• 页数: 3页
• 分类号: S831.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.19369/j.cnki.2095-9737.2021.04.003

摘要

NRF1 (Nuclear Respiratory Factor 1)是调控线粒体功能的重要转录因子.笔者前期研究发现NRF1负调控鸡PPARγ基因,并抑制鸡前脂肪细胞的分化.但是,目前鸡脂肪生成中影响NRF1基因表达的机制尚不清楚.本研究重点开展了鸡NRF1基因启动子区的生物信息学分析.利用NCBI获得鸡NRF1基因启动子区序列;利用DNAMAN软件对鸡与人或鼠NRF1基因启动子区序列相似性进行分析;利用JASPAR在线软件预测鸡NRF1基因启动子区域潜在的转录因子结合位点;利用在线CpG岛预测软件EMBOSS Cpgplot和MethPrimer对鸡NRF1基因启动子区序列进行分析.DNAMAN序列比对发现,鸡NRF1基因启动子序列与人和鼠相似性分别为36.41％和38.00％.转录因子预测分析发现,鸡NRF1启动子区有GA-TA1、KLF4、SP1、Myc、C/EBPβ、RUNX1和TCF12等转录因子潜在结合位点.CpG岛预测分析结果表明,鸡NRF1基因启动子区未发现CpG岛.本研究结果有助于了解鸡NRF1基因启动子区的结构和功能,为后续开展鸡NRF1基因的转录调控研究奠定了基础.