菊苣EST-SSR分子标记开发及通用性分析

• 作者: 梁小玉 季杨 胡远彬 易军 白史且 张靓 张新全
• 来源期刊: 草地学报
• 关键词: 菊苣 EST-SSR分子标记 信息分析 遗传多样性 通用性
• 年，卷（期）: 2021,（9）
• 所属期刊栏目: 技术研发
• 页码范围: 2081-2090
• 页数: 10页
• 分类号: Q37
• 语种: 中文
• DOI: 10.11733/j.issn.1007-0435.2021.09.027

摘要

为了开发菊苣(Cichorium intybus)简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分子标记,采用菊苣表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)序列设计EST-SSR引物,并验证引物的有效性和通用性.结果表明:菊苣EST序列中共搜索到648个SSR位点,146种重复基序,SSR出现频率为1.61％;三核苷酸重复类型最多(46.45％),TC/GA基序出现频率最高(14.35％);152对EST-SSR引物在菊苣中的有效扩增率和多态率分别为78.29％ 和57.24％.其中37对引物在31份莴苣亚族(L actucinae Less.)材料中的扩增转移率为86.05％,遗传多样性分析显示不同种间存在明显的遗传分化,聚类结果与材料的地理来源有较高相关性.综上所述,基于菊苣EST序列开发的SSR引物可用于菊苣及其近缘属种遗传多样性分析及种间鉴定,为菊苣族(L actuceae Cass.)种质资源评价、系统进化研究及分子标记辅助育种奠定了重要基础.