苹果热激转录因子生物信息学及表达分析

• 作者: 王新亮
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苹果 热激转录因子 盐碱胁迫 非生物胁迫 表达分析
• 年，卷（期）: 2021,（12）
• 所属期刊栏目: 园艺·农业生态环境|HORTICULTURE·AGRICULTURAL ECO-ENVIRONMENT
• 页码范围: 2720-2728
• 页数: 9页
• 分类号: S661.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.16213/j.cnki.scjas.2021.12.024

摘要

[目的]探索苹果热激转录因子(Heat shock transcription factor,Hsf)家族的生物学信息与功能.[方法]在苹果基因组GD-DH13 v1.1中检索找到36个Hsf家族成员,并通过Pfam和NCBI Conserved Domain Database进行确认,然后利用TBtools、ExPASy、MEME等软件对其中33个含有完整Hsf结构域的基因做了进一步分析.[结果]这些Hsf基因编码的蛋白质含有189～ 530个氨基酸,分子量为21703.71～58972.96,等电点为4.55～ 8.58.亚细胞定位预测显示,除MD00G1095900和MD02G1171800可能定位于叶绿体/细胞核中,MD05 G1313700可能定位于细胞核/线粒体中,其他Hsf均定位于细胞核中.染色体定位和共线性分析显示苹果Hsf基因没有串联重复,但有16对共24个苹果Hsf基因存在片段重复.在盐碱胁迫下,多数Hsf基因的表达显著下调.蛋白相互作用分析显示MD03G1258300与热休克蛋白、超氧化物歧化酶铜分子伴侣、蛋白磷酸酶2C、蔗糖非发酵-1-相关蛋白激酶γ调节亚基存在相互作用;MD15G1283700与热休克蛋白、IAA氨基酸水解酶、碱性亮氨酸拉链存在相互作用.[结论]苹果Hsf家族成员可能在调控盐碱胁迫响应中发挥重要作用,该研究为进一步研究苹果Hsf的生物功能提供一定理论参考.