基于生物信息学方法分析KIF20A与肝癌预后的关系

• 作者: 曹宝全 朱洪
• 来源期刊: 医学信息
• 关键词: 肝癌 KIF20A mRNAs
• 年，卷（期）: 2021,（15）
• 所属期刊栏目: 论著|Treatise
• 页码范围: 47-49,53
• 页数: 4页
• 分类号: R735.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-1959.2021.15.013

摘要

目的 利用生物信息学方法分析KIF20A与肝癌的关系.方法 基于GEO数据库中的肝癌数据集GSE121248使用edgeR来筛查差异的mRNAs,再对这些基因进行富集分析以探索其功能和潜在的作用通路;另基于String数据库分析后构建蛋白互作网络(PPI),经cytoscape可视化后得到关键基因,之后再在GEPIA数据库中验证.结果 共有531个差异表达的基因,其中上调的mRNAs有152个,下调的mRNAs有379个.DAVID数据库分析显示,531个差异基因的生物学功能主要富集在炎症反应、氧化过程和免疫反应中;细胞成分主要集中在细胞外区域,分子功能主要集中在氧化还原酶活性、蛋白质同源二聚活性、铁离子结合和血红蛋白结合;富集的主要途径是化学致癌性、代谢和抗生素生物合成.通过String数据库的分析和cytoscape软件的结合,只筛选出一个关键mRNA为KIF20A.生存曲线分析显示,KIF20A的表达与肝癌患者的预后相关,且低表达与高生存率呈正相关(P<0.05).结论 KIF20A是该调控网络的核心基因,在肝癌的发生发展中起着重要作用,其高表达与患者生存率低有关,是判断肝癌预后的可靠生物标志物,可作为肝癌患者药物治疗的靶点.