基于GEO数据库芯片筛选心肌梗死的关键基因及生物信息学分析

• 作者: 郭相杰 白雅琴 李昊 吴鹏 王晓娟 贾孝 高彩荣
• 来源期刊: 中国法医学杂志
• 学科: 政治法律
• 关键词: 法医病理学 关键基因 生物信息学 心肌梗死 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 137-142
• 页数: 6页
• 分类号: D918.93
• 语种: 中文
• DOI: 10.13618/j.issn.1001-5728.2022.02.006

摘要

目的 应用生物信息学方法筛选出心肌梗死(Myocardial Infarction,MI)的关键基因,探讨MI的病理机制及法医学诊断标志物.方法 从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中下载GSE23294数据集,用R/Bioconductor package limma筛选MI小鼠心肌组织中差异表达的mRNA(Differentially Expressed Genes,DEGs),使用STRING及Cytoscape3.8.2对DEGs构建蛋白质互相作用(Protein-protein Interaction,PPI)网络,并基于CytoHubba筛选MI相关hub基因.最后,用R/Bioconductor package clusterProfiler对筛选到的DEGs进行生物学功能和信号通路富集分析.结果 从MI小鼠心肌组织中筛选到42个DEGs,这些DEGs主要通过炎症反应、免疫调节、激素分泌等信号通路参与MI的发生发展,并进一步筛选出7个MI相关hub基因:Fos、Egr1、ICAM-1、Atf3、Adipoq、Actb、Cxcl1.结论 筛选出的Fos、Egr1等关键基因有望成为法医学鉴定MI的潜在生物标志物,为进一步研究MI的发病机制及法医学鉴定提供了新的思路.