基于简化基因组测序的不同干形云南松遗传分析

• 作者: 吴治洋 纵丹 甘沛华 刘子腾 朱梅彩 何承忠
• 来源期刊: 云南农业大学学报（自然科学）
• 学科: 农学
• 关键词: 云南松 干形变异 遗传基础 简化基因组测序 双酶切基因分型 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 页码范围: 285-293
• 页数: 9页
• 分类号: S791.257.08
• 语种: 中文

摘要

[目的]研究直干形和扭干形云南松遗传差异,揭示其遗传变异特点.[方法]分别以胚乳和针叶为材料,采用简化基因组测序技术对直干形和扭干形云南松22份样本进行单核苷酸多态型(SNP)位点挖掘及遗传分析.[结果]样本间共获得772240个变异,其中SNP变异762699个,InDel变异9541个.在SNP变异中,颠换(38.28％)类型小于转换(61.72％)类型;而InDel变异中,缺失型变异与插入型变异数量大致相等.遗传差异分析结果显示:直干形云南松胚乳组(ES)、直干形云南松针叶组(NS)、扭干形云南松胚乳组(ET)和扭干形云南松针叶组(NT)中SNP位点的多态性信息含量(PIC)、基因多样性指数(Nei)以及Shannon信息指数(I)分别在0.1633～0.1837、0.2345～0.2625和0.3043～0.3448之间,云南松分析样本具有较低的遗传差异水平.直干形和扭干形云南松之间具有中度的遗传分化(Fst针叶组=0.1071,Fst胚乳组=0.1437)和较高水平的基因流(Nm针叶组=?2.0839,Nm胚乳组=1.4893).位于27条序列上的39个SNP位点能够很好地区分不同干形云南松.SNP注释结果表明:多向耐药性蛋白(PDR3)、乙烯响应转录因子(ERF017和RAP2)及MYB相关蛋白340?(MYB340)等可能在云南松直干形和扭干形的发育中发挥着调控作用.[结论]云南松干形扭曲变异主要受遗传因素调控,但环境因素的协同作用增强了该特征的显著性.