大青转录组测序及生物信息学分析

• 作者: 刘敏 黄炜忠 何孟璐 梅瑜 王继华
• 来源期刊: 广州中医药大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 大青 萜类 黄酮 转录组 简单重复序列(SSR)
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 中药药理与质量
• 页码范围: 177-183
• 页数: 7页
• 分类号: R282.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13359/j.cnki.gzxbtcm.2022.01.030

摘要

[目的]利用高通量测序技术获得大青的转录组信息特征.[方法]通过高通量测序平台Illumina HiSeqTM 2500对大青进行转录组测序,采用Trinity软件de novo组装获得Unigene,并基于序列同源性对Unigene进行功能注释,得到大青转录组的遗传信息.[结果]测序数据经过质控后共获得26394223个高质量的Reads,通过de novo组装获得100191个Unigene,N50长度为1055 bp,平均长度724.4 bp.其中59690个(59.58％)Unigene在NR、SwissProt、KOG、GO、KEGG数据库中均得到注释.其中KEGG数据库注释到38260个Unigene,涉及136条代谢通路.在大青转录组中共鉴定到407个Unigene参与萜类化合物的生物合成,165个Unigene涉及类黄酮生物合成,29个Unigene参与黄酮和黄酮醇生物合成,37个Unigene参与异黄酮生物合成,同时,还鉴定到210类转录因子.MISA分析发现6680个Unigene包含8640个简单重复序列.[结论]利用高通量测序技术和生物信息分析获得了大青的转录组信息特征,这些数据可为后期开展功能基因鉴定、解析黄酮类化合物次生代谢途径及其调控机制奠定研究基础.