2种羌活药用植物的叶绿体基因组密码子使用偏性分析

• 作者: 王琳璇 王高烽 谷威 赵志敏 马永贵
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 羌活 宽叶羌活 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子
• 年，卷（期）: 2022,（3）
• 所属期刊栏目: 动物科学·生物技术|Animal Science and Biotechnology
• 页码范围: 95-101
• 页数: 7页
• 分类号: Q943.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2022.03.025

摘要

对羌活(Notopterygium incisum)与宽叶羌活(N.franchetii)的叶绿体编码基因的密码子使用偏性(codon usage bias)及其影响因素进行了分析.结果表明:羌活和宽叶羌活的叶绿体基因组总ENC值分别为49.79和49.70,偏性较弱,密码子第3位碱基倾向于使用A/T.PR2-plot分析表明,选择压力和突变都是影响2种羌活叶绿体密码子使用偏性的主要因素;而中性绘图分析和ENC-plot分析表明选择压力是影响2种羌活叶绿体密码子使用偏性的主要因素.相对同义密码子使用度(RSCU)分析确定了2种羌活中使用频率较高的30个高频密码子,几乎都以A或U结尾,只有UUG以G结尾.羌活的最优密码子9个,宽叶羌活的最优密码子7个.2种羌活有5个最优密码子相同,分别是UUG、CAU、CGU、AGU、GGA.该研究结果为后续药用羌活植物的基因表达、蛋白质翻译和遗传育种研究提供了研究依据和基础数据.