基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用

• 作者: 何智良 卢阳 叶兰汀 徐安龙 符志彦
• 来源期刊: 中山大学学报(自然科学版)
• 学科: 生物学
• 关键词: cDNA分析系统 大规模测序 unix/linux操作系统 phred/phrap软件 stackpack软件 blast软件
• 年，卷（期）: 2002,（5）
• 页码范围: 60-63
• 页数: 4页
• 分类号: Q754
• 字数: 3711字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0529-6579.2002.05.018

摘要

基于unix/linux操作系统和mysql数据库,利用phred/phrap, stackpack, blast软件,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析.它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化,去除载体污染和重复序列,序列聚类,拼接,分析可变剪切,数据库搜索进行相似性分析.该系统可以加速大规模EST测序的分析速度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐安龙	中山大学生命科学学院	90	737	13.0	22.0
2	符志彦	中山大学生命科学学院	3	34	3.0	3.0
3	卢阳	中山大学生命科学学院	2	6	2.0	2.0
4	叶兰汀	中山大学生命科学学院	1	3	1.0	1.0
5	何智良	中山大学生命科学学院	1	3	1.0	1.0