氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用

• 作者: 孙浩 李大鹏 杜奇石 王树青 谢军民
• 来源期刊: 天津师范大学学报(自然科学版)
• 学科: 化学
• 关键词: 氨基酸 蛋白质结构 主成分分析(PCA) 生物信息学
• 年，卷（期）: 2005,（1）
• 页码范围: 1-5
• 页数: 5页
• 分类号: O629.71|Q517
• 字数: 3787字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-1114.2005.01.001

摘要

用化学计量学的主成分分析(PCA)法计算和分析了4种类型(α型、β型、α/β型和α+β型)204个蛋白质的20种氨基酸在主成分中的贡献. 研究发现,20种氨基酸在4种类型蛋白质的主成分中的贡献有明显的不同. 氨基酸在主成分中的贡献体现了4种类型蛋白质的结构特征,有深刻的物理和化学的内在原因. 我们把氨基酸的主成分分析法应用于蛋白质结构类型的预测,对4种类型的蛋白质都取得了满意的结果. 使用LOO(leave one out)检验法,4种类型蛋白质的预测正确率分别为:76.9%(α型)、96.7%(β型)、82.2%(α/β型)和78.3%(α+β型),204个蛋白质的整体正确率为84.3%,高于以氨基酸组成为基础的简单距离和欧几里德距离等方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢军民	天津师范大学生物信息与药物开发研究所	7	17	3.0	3.0
2	杜奇石	天津师范大学生物信息与药物开发研究所	18	60	5.0	6.0
3	王树青	天津师范大学生物信息与药物开发研究所	7	24	3.0	4.0
4	李大鹏	天津师范大学生物信息与药物开发研究所	9	20	3.0	4.0
5	孙浩	天津师范大学生物信息与药物开发研究所	7	17	3.0	3.0