哺乳动物细胞POLK、POLH、POLI基因对甲基硝基亚硝基胍的应答反应及其启动子区转录因子结合部位的生物信息学分析

• 作者: 余应年 蒋余圣 钱羽力
• 来源期刊: 中国病理生理杂志
• 学科: 医学
• 关键词: DNA聚合酶类 转录因子结合部位 基因,POLK 基因,POLH 基因,POLI 甲硝基亚硝胍
• 年，卷（期）: 2006,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1249-1255
• 页数: 7页
• 分类号: R363
• 字数: 5579字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-4718.2006.07.001

摘要

目的:观察甲基硝基亚硝基胍(MNNG)对培养细胞DNA聚合酶κ、η、ι编码基因表达的影响并用生物信息学方法预测它们的启动子区和启动子区中的转录因子结合部位.方法:利用半定量RT-PCR观察POLK、POLH、POLI基因表达改变.利用在线生物信息学软件,确定它们的启动子区,然后,用转录因子预测软件并结合进化足迹法检出包括启动子区在内的3000 bp碱基上游序列中的转录因子结合部位.结果:0.2μmol·L-1MNNG导致细胞POLH和POLI表达水平在处理后6-24 h间逐渐上升,升高约1倍;而POLK则呈下降;通过转录因子预测软件分析,在POLK、H和I启动子区分别检出了384个、413个和689个推断的转录因子结合部位;通过进化足迹法分析有效地降低了假阳性率,推断的转录因子结合部位分别下降到158个、80个和40个.结论:低浓度MNNG导致POLH、POLI表达水平升高,而POLK表达水平降低;通过在线软件,我们成功地在POLK,POLH,POLI启动子区分别检出158、80和40个推断的转录因子结合部位;进化足迹法分析能够有效降低预测软件的假阳性率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	余应年	浙江大学医学院病理和病理生理学教研室	57	420	10.0	18.0
2	钱羽力	浙江大学医学院病理和病理生理学教研室	20	67	5.0	7.0
3	蒋余圣	浙江大学医学院病理和病理生理学教研室	1	3	1.0	1.0