新基因NYGGF4在肥胖患儿脂肪组织中的表达验证及生物信息学分析

• 作者: 倪毓辉 吴伟玲 张敏 李晓南 王玢 邱洁 郭锡熔 陈荣华
• 来源期刊: 实用儿科临床杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肥胖症 NYGGF4基因表达 计算生物学
• 年，卷（期）: 2008,（7）
• 所属期刊栏目: 营养及营养性疾病
• 页码范围: 495-497,552
• 页数: 4页
• 分类号: R723.14
• 字数: 3753字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-515X.2008.07.006

摘要

目的 验证新基因NYGGF4在肥胖患儿脂肪组织中的表达,初步探讨NYGGF4的生物信息学特征.方法 采用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术验证肥胖与健康儿童脂肪组织中NYGGF4基因的表达差异,应用DNA Star、Blast、ProtParam、SOPMA、TargetP、TMHMM、ProtScale、SOSUI、InterproScan和SMART等软件或数据库分析NYGGF4的核苷酸基本特征、蛋白质理化性质、二级结构、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、可溶性、结构域及亚细胞定位等.采用SPSS 11.0软件进行统计学分析.结果 NYGGF4基因是一个未知的新基因,差异高表达于肥胖患儿脂肪组织中,生物信息学分析该基因cDNA全长1 527 bp,开放阅读框(ORF)长753 bp,编码250个氨基酸,预测相对分子质量28 271,定位在胞质,蛋白序列分析显示无跨膜螺旋结构,为一非分泌、可溶的亲水性蛋白,蛋白结构域分析提示NYGGF4的N端有一较短的亲脂性靶向序列、C端有一PTB结构域.结论 NYGGF4基因是一差异高表达于肥胖患儿脂肪组织中的新基因,可能是胞质内一个信号转导分子,在肥胖的发生发展过程中发挥重要功能,有进一步研究的价值.