大豆EST-SSR标记开发及与Genomic-SSR的比较研究

• 作者: 常玮 李侠 李文滨 藤伟丽 赵雪 邱波 韩英鹏
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 EST-SSR 生物信息 多态性
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 149-156
• 页数: 8页
• 分类号: Q751|S565.103
• 字数: 4956字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1007-9084.2009.02.008

摘要

对458 220条大豆EST序列进行SSR搜索,共检测出EST-SSR序列39 989条, 经拼接得到无冗余EST-SSR序列8 190条,包括357种重复基元.其中二、三核苷酸重复基元类型居多,分别占无冗余EST总数的11.13%和16%,统计得到二核苷酸重复类型12种,三核苷酸重复类型60种.以含有简单重复序列的无冗余EST序列设计200对引物,其中148对引物有清晰且单一条带扩增产物,以30份大豆品种资源进行引物筛选,获得多态性引物31对.以21份大豆不同基因型的基因组DNA为模板选取30对显示多态性的大豆EST-SSR引物和30对大豆基因组SSR引物进行扩增,带型统计结果显示:大豆EST-SSR与基因组SSR在供试基因型间多态性指数均值分别为0.55 和0.44,二者揭示的多态性水平差异不大.从而说明利用生物信息学方法基于大豆EST开发SSR标记是切实可行的,大豆EST-SSR可以用于大豆遗传多样性分析,是大豆DNA分子标记体系的一个重要补充.