FKBP12蛋白与其抑制剂结合的分子动力学模拟和结合自由能计算

• 作者: 张少龙 张庆刚 扈国栋
• 来源期刊: 化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 分子动力学 MM-GBSA 结合自由能 FKBP12 抑制剂
• 年，卷（期）: 2009,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1019-1025
• 页数: 7页
• 分类号: O6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0567-7351.2009.09.022

摘要

FKBP12(FK506-binding protein-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白.采用分子动力学模拟取样,运用MM-GBSA方法计算了FKBP12和3个抑制剂(GPI-1046,308和107)的绝对结合自由能,GPI-1046的结合能最小,308小于107的结合能.通过能量分解的方法考察了FKBP12蛋白的主要残基与抑制剂之间的相互作用和识别,计算结果表明:3个抑制剂具有相似的结合模式,Ile56和Tyr82主要表现为氢键作用,Tyr26,Phe46,Val55,Ile56,Trp59,Tyr82,Tyr87和Phe99形成疏水作用区.计算结果和实验结果吻合.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张庆刚	山东师范大学物理与电子科学学院	71	240	8.0	11.0
2	张少龙	山东师范大学物理与电子科学学院	29	118	6.0	9.0
3	扈国栋	山东师范大学物理与电子科学学院	8	32	4.0	5.0