高粱EST-SSR标记的建立及其在苏丹草中的应用初探

• 作者: 李杰勤 王丽华 詹秋文 陈亚
• 来源期刊: 草业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 高粱 苏丹草 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 所属期刊栏目: 植物生产层
• 页码范围: 112-117
• 页数: 6页
• 分类号: S544~+.1
• 字数: 3622字
• 语种: 中文

摘要

从NCBI中下载了202 325条高粱Sorghum bicolor EST序列.去除低质量和冗余的序列后,在5 661条高粱EST中共发掘出了6 663个SSR位点,出现频率是20.19%,平均分布频率是1/3.93 kb.在5 197条EST序列中,共有3 446条序列能够设计引物,占总数的66.3%.在高粱EST-SSR中,三核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元是GGC/GCC.在3 446对高粱EST-SSR引物中,随机选择了20对引物进行了合成.以苏丹草Sorghum sudanense 722和高粱Sorghum bicolor TX623A为模板,用这20对引物进行PCR扩增,结果全部可以扩增出条带,可用率为100%,有差异的有4对,多态性比率为20%.研究结果证明了根据高粱EST建立SSR标记是有效、可行的.