32种果树microRNA的生物信息学预测与分析

• 作者: 宋长年 房经贵 李飞 王晨 章镇 贾启东
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: microRNA 生物信息学预测 果树 EST
• 年，卷（期）: 2010,（6）
• 页码范围: 869-879
• 分类号: S66
• 语种: 中文

摘要

通过生物信息学预测miRNA的方法,采用基于生物信息学的基因搜索和同源搜索的方法成功地从NCBI数据库中登录的32种果树的EST中寻找miRNAs.从32种果树的774 400条ESTs中找到了110条miRNA前体序列,编码116条成熟体序列.利用miRbase数据库进一步分析,结果表明116个miRNAs属于45个miRNA家族,其中有7个保守的miRNA家族中的miRNA个数在5以上,20个miRNA家族的miRNA个数在2～4,有18个miRNA家族的miRNA数量为1个.在柑橘、苹果、香蕉、猕猴桃和桃等果树中分别发现28、16、13、11和10个miRNAs.果树中miRNA的序列比较发现,相同家族的miRNA的序列存在一定水平的差异,其中碱基的变化包括相似频率的颠换与转换.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	章镇	南京农业大学园艺学院	286	5756	35.0	58.0
2	房经贵	南京农业大学园艺学院	194	3087	29.0	47.0
3	宋长年	南京农业大学园艺学院	40	502	16.0	21.0
4	王晨	南京农业大学园艺学院	69	628	15.0	22.0
5	李飞	南京农业大学植物保护学院	26	302	10.0	16.0
6	贾启东	南京农业大学植物保护学院	1	26	1.0	1.0