拟南芥盐胁迫响应启动子的生物信息学分析

• 作者: 刘东篱 吴炳江 杨国栋 郑成超 阎鹏磊
• 来源期刊: 山东农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 拟南芥 全基因组芯片 盐胁迫响应启动子
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 页码范围: 164-168,174
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3753字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2324.2010.02.002

摘要

本研究使用生物信息学方法分析了拟南芥盐胁迫响应的顺式作用元件.首先分析盐胁迫0.5 h、1 h的拟南芥全基因组芯片,得到627个盐胁迫上调基因和282个下调基因.然后使用MEME软件分析了盐胁迫响应基因的启动子,得到10个保守元件.通过显著性分布分析表明Motif_1\Motif_8\Motif_10显著分布于上调基因启动子中;Motif_1\Motif_10显著不分布于盐胁迫下调基因启动子中.Motif_1元件是G-box元件(ABRE(ABA Responsive Element)元件),大量分布于盐胁迫上调基因启动子中,广泛参与盐胁迫过程中ABA依赖的信号转导途径.Motif_8、Motif_10分别类似于ABRE元件和DRE(Dehydration-Responsive Element)元件,但由于和ABRE、DRE元件的保守序列不尽相同,Motif_8\Motif_10很有可能是新的盐胁迫响应元件.本研究对于研究拟南芥在盐胁迫应答过程中在转录水平上发生的调控过程具有重要帮助作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨国栋	山东农业大学生命科学学院作物生物学国家重点实验室	10	143	6.0	10.0
2	郑成超	山东农业大学生命科学学院作物生物学国家重点实验室	40	679	15.0	26.0
3	吴炳江	山东农业大学生命科学学院作物生物学国家重点实验室	2	8	1.0	2.0
4	阎鹏磊	山东农业大学生命科学学院作物生物学国家重点实验室	1	8	1.0	1.0
5	刘东篱	山东农业大学生命科学学院作物生物学国家重点实验室	1	8	1.0	1.0