小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图

• 作者: 李斯深 汪俊君 潘海涛 王盈盈 齐照良
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 小麦 EST-SSR 分子标记 RIL 遗传图谱
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 452-461
• 页数: 10页
• 分类号: S5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.03.002

摘要

[目的]利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记.[方法]对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18-2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图.[结果]在265 362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%.其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个.二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%,其次是CA/GT(4.07%)和AC/TG(2.53%);三核苷酸重复中,CAA/GTT(3.93%)、CGG/GCC(3.83%)、CGC/GCG(3.36%)、GGC/CCG(3.14%)、CTT/GAA(2.53%)、TGC/ACG(2.27%)以较高的频率出现.根据筛选得到的微卫星序列共设计了596个EST-SSR引物对,选择其中95分以上的194个合成.PCR检测表明,165个引物对(85%)可以扩增出稳定清晰的带型;在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26个位点有多态性,将其中的23个位点整合到已有的小麦遗传图谱上.[结论]开发了165个小麦EST-SSR新标记,EST序列是小麦SSR标记的重要来源.