茄子microRNAs与其靶基因的生物信息学预测

• 作者: 孙玉合 宗鹏 崔萌萌 张磊 晁江涛 陈雅琼
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 茄子 microRNAs(miRNAs) 靶基因 生物信息学 EST
• 年，卷（期）: 2011,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 776-784
• 页数: 9页
• 字数: 4237字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2011.00776

摘要

microRNAs(miRNAs)是一类在真核生物中发现的长度为21 nt左右、非编码、内源性的单链小分子RNA,通过与靶基因的互补发挥转录后水平的负调控作用.目前,已在许多物种中报道了miRNAs的存在,然而还未见关于茄子miRNAs的报道.根据miRNAs在植物中的高度保守性及其前体的二级结构特征,文章通过同源预测的方法,将已知植物的miRNAs与茄子EST数据库比对,经过一系列的筛选,最终预测到12个家族的16条茄子miRNAs,其中包括3个miRNA家族的正义/反义miRNAs,而miR390和miR399家族的正义/反义miRNAs属于第一次发现.文章还通过在线软件psRNATarget预测到15条茄子miRNAs的71个靶基因,这些靶基因主要编码与茄子生长发育、新陈代谢以及胁迫响应等过程相关的蛋白.