卡介苗美国株全基因组测序缺口修补及序列

• 作者: 吴俊 朱宝利 潘元龙 王志明
• 来源期刊: 微生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 卡介苗 高GC 补缺口 序列分析
• 年，卷（期）: 2012,（10）
• 所属期刊栏目: 遗传和分子生物学
• 页码范围: 1219-1227
• 分类号: Q933
• 语种: 中文

摘要

[目的]对卡介苗( Bacillus Calmette-Guerin,BCG)美国株(BCG Tice)进行基因组补缺口(补洞)工作,以得到它的基因组完整序列.[方法]首先对BCG Tice进行高通量测序,使用SOAPdenovo软件对得到的数据进行拼接.由于在高通量测序的过程中基因组某些区域测序覆盖度低,测序质量差会使测序结果经拼接后形成众多的重叠群(contig),相邻的位置关系确定的contig形成一个scaffold,contig之间未测到的区域为缺口序列( gap),在contig末端设计引物进行PCR扩增,得到连接相邻contig的PCR产物,对PCR产物进行测序.通过优化PCR引物设计策略,尝试不同的聚合酶进行聚合反应,调整PCR反应条件并结合PCR产物构建克隆测序等方法,补齐contig之间的缺口序列.[结果]完成了BCG Tice的全基因组测序,得到了它的基因组完整序列,序列已提交到美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库.[结论]BCG属于高GC含量的革兰氏阳性细菌,其基因组GC含量高达65.65％.本文以BCG Tice基因组补洞为例,对高GC含量基因组补缺口过程中遇到的问题与采取的策略给予概述,望给相关高GC含量基因组的物种全基因组测序补缺口工作提供一些借鉴.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱宝利	中国科学院微生物研究所中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室	27	187	9.0	13.0
2	吴俊	中国科学院微生物研究所中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室	17	186	8.0	13.0
3	王志明	中国科学院微生物研究所中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室	3	30	2.0	3.0
4	潘元龙	中国科学院微生物研究所中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室	1	2	1.0	1.0